要么归皇帝管、要么归五军都督府管”的卫所体系之外，还存在着几支特殊的卫所，它们既不属于上直亲军卫，也不归五军都督府统辖，而是由皇帝直接管理的“普通卫所”。这类卫所主要分为三类：其一是六个“匠卫”，即武功左中右三卫、永清左右二卫与彭城卫。这六个卫所的士兵并非传统意义上的战斗人员，而是由军匠手艺人组成，专门负责皇家器物、兵器的制造与修缮，是大明军工体系的重要组成部分；其二是十五个“皇陵卫”，从长陵卫、献陵卫，到景陵卫、裕陵卫，再到茂陵卫、泰陵卫、康陵卫、永陵卫、昭陵卫、定陵卫、庆陵卫、德陵卫，每一座明朝皇帝的皇陵，都对应着一支专门的卫所负责守卫。这些皇陵卫的士兵世代驻守皇陵，虽无战斗任务，却占据着大量土地与粮饷，成为大明财政的一大负担；其三则是少量负责特殊职能的卫所，不过规模与影响力远不及匠卫与皇陵卫。
对于这三类特殊卫所，朱慈烺早已制定了详细的改革方案。在他看来，六个匠卫中，武功左中右三卫的军匠技艺最为精湛，可直接并入兵仗局，充实大明的兵器制造力量；而永清左右二卫与彭城卫的军匠，则可搬回京师，继续承担皇家器物的修缮工作。但无论如何，这六个匠卫的卫所制度必须废除。朱慈烺计划在此基础上成立“大明工部制造局”，将所有军匠纳入统一管理，既提高制造效率，又避免资源浪费，而匠卫名下的所有土地，全部收归朝廷，重新分配给无地农民与护国军士兵。
至于十五个皇陵卫，朱慈烺更是下定决心彻底取消。在他看来，一座皇陵驻守一支完整的卫所，完全是资源的极大浪费。护国军士兵训练有素，只需派出少量兵力，便可妥善守卫皇陵，根本无需动辄数百人的卫所。取消皇陵卫后，不仅能节省大量粮饷，其名下的土地也可纳入土地改革的范畴，进一步缓解大明的土地矛盾。
而在二十六支上直亲军卫中，朱慈烺经过反复权衡，决定保留锦衣卫、旗手卫、金吾前后卫与羽林左右卫。锦衣卫作为皇帝的耳目，负责侦察、缉捕等特殊职能，在朝堂制衡中有着不可替代的作用；旗手卫掌管皇家仪仗，金吾前后卫与羽林左右卫则承担着京城巡防与皇宫外围守卫的职责，这几支亲军卫是皇家威严的重要象征，若是贸然废除，难免会引起朝野非议，给改革带来不必要的阻力。朱慈烺深知，改革需循序渐进，不能一蹴而就，保留这几支亲军卫，既是对传统的适度妥协，也是为了稳定朝堂局势。
经过与卢象升、张世泽等心腹将领的反复商议，朱慈烺最终敲定了京畿