次战败，他却因害怕朝廷追责，没有如实向上汇报。此事很快就被朝廷知晓，崇祯皇帝大怒，下令免去秦翼明的都督军衔，贬官二级，仍命他继续留在前线剿贼，戴罪立功。
秦翼明深知自己犯下了大错，心中又愧又急。他暗下决心，一定要立下战功，弥补自己的过失。不久后，他跟随卢象升在谷城追逐叛军。叛军逃往均州，秦翼明率领军队紧追不舍，在清石铺追上了叛军。他亲自擂鼓助威，将士们士气大振，奋勇杀敌，再次大败叛军。
叛军不甘心失败，逃入山地，凭借地形优势负隅顽抗。秦翼明并未退缩，他仔细勘察地形，制定了周密的作战计划。随后，他率领军队，小心翼翼地进入山地，与叛军展开周旋。在战斗中，他身先士卒，手持长枪，斩杀了数名叛军将领。将士们见主将如此英勇，也纷纷奋勇向前，最终再次击败叛军。
此后，秦翼明又在界山、三道河、花园沟接连破贼，还活捉了叛军将领黑煞神、飞山虎，一时间声名大振。可就在局势逐渐好转之际，新的问题又出现了。叛军出没在郧阳、襄阳一带，巡抚郧阳的苗胙土认为叛军势大，难以剿灭，便想派人招降叛军。秦翼明没有深思熟虑，便同意了苗胙土的提议。
然而，这只是叛军的缓兵之计。他们表面上答应投降，暗地里却在集结兵力，准备再次发动进攻。秦翼明和苗胙土被叛军蒙在鼓里，等到发现真相时，叛军早已不见踪影，反而趁机攻占了几座县城。此事很快就被朝廷知晓，秦翼明和苗胙土都受到了弹劾。
不久后，叛军大举进犯襄阳。秦翼明深知自己责任重大，率领军队奋勇抵抗。在战斗中，他身先士卒，率领白杆兵将士们多次击退叛军的进攻，取得了不少战果。随后，他率领军队屯兵庙滩，扼守汉江的浅水处，防止叛军渡江。
可叛军首领罗汝才、刘国能却十分狡猾，他们避开了秦翼明的防守，从汉江的深水处偷渡过去，随后率军在蕲春、黄冈一带大肆骚扰。崇祯皇帝得知此事后，龙颜大怒，当即罢了苗胙土的官，并严厉批评了秦翼明。不久后，又有人弹劾秦翼明作战不力，朝廷最终解除了他的官职，让他返回四川。
秦翼明怀着愧疚的心情回到石柱，见到姑母秦良玉后，他羞愧地低下了头，将自己在河南、湖北的经历一五一十地说了出来。秦良玉听完后，没有斥责他，只是轻轻叹了口气：“翼明，你虽有过错，却也在战场上奋勇杀敌，并非贪生怕死之辈。只是你性情太过急躁，又缺乏谋略，才会屡屡犯错。日后需多加历练，切不可再如此鲁莽