朝廷，详细陈述秦邦屏的死状，请求从优抚恤。兵部尚书张鹤鸣也上奏说，浑河血战能斩获如此多的敌首，全靠石柱、酉阳两地土司的奋勇作战，建议朱由校厚待秦良玉一家。朱由校采纳了张鹤鸣的建议，追赠秦邦屏为都督佥事，子孙世袭官职，并将他与陈策等战死的将领一同立祠祭祀；秦民屏则被晋升为都司佥书。
同年九月，兵部令秦良玉回乡征兵，以补充白杆兵的兵力。可她刚回到石柱，就遇到了新的危机。永宁宣抚使奢崇明在重庆发动叛乱，自称“大梁王”，派兵四处攻城略地，四川局势顿时陷入混乱。奢崇明深知白杆兵的战斗力，便派部将樊龙带着金银珠宝和丝绸，前来石柱，想与秦良玉结盟，共同反明。
秦良玉看着眼前的金银珠宝，眼中没有丝毫动摇。她厉声斥责樊龙：“我秦良玉世代受大明恩宠，岂能与反贼同流合污！”说罢，她下令将樊龙斩杀，随后立即召集秦民屏、秦翼明（秦邦屏之子）、秦拱明（秦邦屏之子）等人，率领白杆兵逆流西上，直奔重庆。
大军行至重庆南坪关时，秦良玉得知奢崇明的主力正在围攻成都，重庆城内兵力空虚。她当机立断，决定乘敌不备，突袭重庆。白杆兵将士们个个奋勇，很快就攻破了南坪关，切断了重庆叛军的退路。随后，秦良玉又在两河设下伏兵，烧毁了叛军的船只，让叛军无法从水路逃跑。紧接着，她分兵驻守忠州，又派人快马送信至夔州，要求当地驻军加强瞿塘峡上下游的防守，防止叛军逃窜。
天启二年（1622年），奢崇明的叛军包围了成都，四川巡抚朱燮元急忙传令各地土司出兵救援。可当时四川的大多数土司都贪图奢崇明的贿赂，按兵不动，只有秦良玉率领白杆兵，击鼓西征，直奔成都。一路上，白杆兵势如破竹，接连攻克新都等重镇，很快就抵达成都城下。秦良玉亲自擂鼓助威，将士们士气大振，奋勇杀敌，很快就将奢崇明的叛军击溃，成功解除了成都之围。
奢崇明败走后，秦良玉并未停歇，她率领白杆兵乘胜追击，先后攻克二郎关、佛图关，最终收复了重庆。朝廷为表彰她的功绩，授其为都督佥事、充都督同知总兵，并加封为夫人；其子马祥麟被授为宣慰使，秦民屏为副总兵，秦翼明、秦拱明为参将。此后，秦良玉又率领白杆兵收复了红崖墩、观音寺、青山墩等叛军据点，奢崇明走投无路，最终自杀身亡，四川之乱得以彻底平定。朝廷多次赏赐秦良玉金币，可她都将这些赏赐分给了麾下的将士，自己分文未取。
天启三年（1623年），秦良玉上书朝廷